Od prazgodovinskih gradišč do Ilirskih provinc
Pričevanja o najstarejši poselitvi najdemo v kraškem predelu občinskega ozemlja, kjer so odkrili nekaj prazgodovinskih gradišč. V 2. stoletju so Rimljani izrinili staroselce. Ostanki mostu čez Sočo pričajo o rimski cesti, ki se je vila iz Furlanske nižine proti Renčam in naprej v notranjost Slovenije. Kasneje so se po isti poti vzhodni narodi selili na Apeninski polotok. Iz tega obdobja je tudi stara rimska cesta Štradalta, ki povezuje občinsko središče s Pečjo in današnjim mirenskim maloobmejnim prehodom.
Slovenci so se tod naselili v zgodnjem srednjem veku. Imena posameznih zaselkov zasledimo v urbarjih okoli leta 1200. Tod so gospodovali goriški grofje, oglejski patriarhi, Beneška republika, Habsburžani, za kratko obdobje Francozi v okviru Ilirskih provinc.

Rubijski grad
V tem obdobju je pomembno vlogo odigral tudi rubijski grad. Ni podatkov, ki bi kazali, kdaj je bil zgrajen grad v Rubijah. Brez dvoma je bila tam utrdba zgrajena že v srednjem veku, če ne celo prej. V slovensko zgodovino je grad v Rubijah prišel s Primožem Trubarjem, v evropsko pa v času 2. gradiščanske vojne kot tud v letih prve svetovne vojne. Nekateri italijanski in nemški preučevalci menijo, da je bila stavba, kakršno so Sovodenjci poznali pred prvo svetovno vojno, zgrajena v 15. stoletju na ruševinah stare srednjeveške utrdbe. Mnenja o tem, kdo je grad zgradil, so različna. Nekateri menijo, da so to bili grofje Coronini, grajska stavba je bila namreč zelo podobna tistima v Kromberku in v furlanskem Susansu. Drugi pa menijo, da je grad zgradila plemiška družina Thurn und Taxis, ki je imela grad v Devinu, in da so jo Coroninijevi odkupili od nje, leta 1872 pa prodali grofu Bianchiju, ki se je vanj priselil iz Veneta.
Grad v Rubijah je prav po zaslugi protestantskega duhovnika in pisca Primoža Trubarja, avtorja prve slovenske tiskane knjige, prišel v slovensko zgodovino. Primož Trubar je bil v Gorici in Rubijah jeseni 1563. V rubijski grad se je zatekel, potem ko je v Gorici na stolnem trgu pridigal in ga je neki katoliški župnik prijavil in zatožil patriarhu.

Od Habsburžanov do danes
Do leta 1918 je sovodenjsko ozemlje pripadalo Avstro-ogrskemu cesarstvu, kasneje Italiji, razen v letih 1943 – 1947, ko so ga upravljali najprej Nemci in nato zahodni zavezniki. Leta 1945 so sovodenjsko območje osvobodile enote IX. Korpusa Narodnoosvobodilne vojske in partizanskih odredov Jugoslavije.
Med prvo svetovno vojno so vsa naselja utrpela veliko škode, zato ni veliko podatkov, ki bi pričali o kulturnem življenju. Med svetovnima vojnama je prebivalstvo trpelo raznarodovalni pritisk fašističnega režima, med drugo svetovno vojno pa je organizirano sodelovalo v odporu v civilnih strukturah in partizanskih enotah. Vseh padlih občanov je 102.
Po letu 1866 so se Sovodnje ločile od Mirna in postale samostojna občina, kjer je poslovanje potekalo tudi v slovenščini. Leta 1927 je oblast občino ukinila in naselja pridružila Mirnu. Leta 1947 so ozemlje najprej priključili Zagraju in končno je leta 1951 občina zopet zaživela samostojno.
Ob sprejetju novega občinskega Statuta leta 1992 je uprava vanj zapisala tudi temeljne določbe, ki zadevajo pravice slovenske narodne skupnosti.